1998年夏天，德国队伴随着世界杯的惨败而跌下神坛，新老更替已是当务之急。而在凯泽斯劳滕第二个赛季收获德甲首球和欧冠首秀后，稳定成长的巴拉克开始得到广泛关注。同年夏窗，德甲老牌豪门勒沃库森以410万欧元的转会费将巴拉克招致麾下。新赛季开赛，巴拉克被迅速树立为新的中场核心，此时他的天赋彻底释放，由此迎来了职业生涯的彻底升华。然而，早期在凯泽斯劳滕经历的神话故事似乎耗尽了巴拉克的好运。特别是来到勒沃库森后，巴拉克开始遭遇自己整个生涯都无法摆脱的千年老二魔咒。
99到00赛季，巴拉克迅速奠定了自己中场核心的位置。在勒沃库森队里，巴拉克成为了球队攻防两端的一把利器。勒沃库森在时任主教练道姆的带领下，迎来队历史最辉煌时期。整个赛季勒沃库森一路在积分榜领跑，而在最后一轮需在击败升班马温特哈兴便可夺冠。然而在这场仅需平局即可封王的比赛，巴拉克却踢进了德甲生涯第一颗乌龙球，勒沃库森最终也因净胜球的劣势落后于拜仁慕尼黑获得联赛亚军。然而即便是那次令人痛苦的失利，也不及之后两个赛季巴拉克令人心碎的遭遇，因为勒沃库森队经历了著名的三亚王的噩梦般悲惨经历。
00到01赛季，时任主教练道姆因吸食违禁品丑闻而离职，但这丝毫没有停止巴拉克的光彩，这个时期的巴拉克如同球场上的王者，统治着比赛的节奏，又如同推动者，引领着球队的进攻方向。在欧冠小组赛负于皇家马德里的比赛中，巴拉克在第44分钟打进了自己欧冠生涯的处子球。整个赛季，巴拉克代表勒沃库森在各项赛事中共出场35次，个人打进9球并送出9次助攻。如果说这个赛季的巴拉克还是德国足坛一名有实力的球星，那么从下个赛季开始，巴拉克便真正的大步迈向了巨星行列，只不过与之相伴的是一种莫名的悲壮。
时间来到01到02赛季，巴拉克带领勒沃库森在穆勒的执教下各条战线高歌猛进。在德甲前14轮联赛中，巴拉克便疯狂贡献了8粒进球和4次助攻，帮助勒沃库森取得了10胜4平的德甲最佳开局战绩。在整个赛季的德甲联赛中，巴拉克掀起进攻狂潮，始终带领勒沃库森保持联赛领头羊位置，并以惊人逆转能力成为赛季逆转王。然而在联赛领先大半赛季下，勒沃库森却在之后再毁前程，倒数第2和第3轮先后被云达不莱梅和纽伦堡击败，多特蒙德最终也以一分优势抢走其本纳入囊中的德甲沙拉盘。而在德国杯赛赛场，巴拉克再次率领勒沃库森过关斩将直入决赛。然而当赛季勒沃库森需要三线作战，决赛中的疲惫之师却再次以1比4落败于沙尔克。尽管贝尔巴托夫先声夺人，但沙尔克之后的连入4球，最终还是让德国杯再次刻上鲁尔区蓝领工人球队的名字。
不过当赛季勒沃库森最可惜的亚军当属欧冠联赛。彼时的巴拉克率领勒沃库森成为令欧陆足坛惊呼的红黑军团，药厂也在淘汰赛分别淘汰英超两大豪门利物浦和曼联。遗憾的是在最终决赛上，随着齐达内现出惊世的天外飞仙后，巴拉克只能咽下了三亚王的苦果。整个01到02赛季，巴拉克代表勒沃库森在各项赛事中出场50次，个人疯狂打进23球，并送出了多达12次助攻。值得一提的是，那年的巴拉克可谓是球场最失意的球星之一。除上述三个亚军荣誉之后，在德甲射手榜和助攻榜的个人荣誉中，巴拉克也都位列次席，而他也是史无前例的成为2002年足球吉尼斯亚军王得主。然而这还没完，在同年夏天的世界杯赛场，巴拉克再次体会到了千年老二的痛苦。
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